Pagrindinis skirtumas tarp mitochondrijų ir kinetoplastų yra tas, kad mitochondrijos yra eukariotų ląstelių organeliai, gaminantys energiją (ATP). Tuo tarpu kinetoplastas yra žiedinės DNR tinklas, esantis didelio mitochondriono viduje, būtent Kinetoplastea klasės pirmuoniuose.
Eukariotinės ląstelės turi skirtingus ląstelių organelių tipus. Šie skirtingi organeliai gyvojoje ląstelėje atlieka skirtingas funkcijas. Iš jų mitochondrijos yra vienas iš membranos surištų organelių, matomų eukariotinėje ląstelėje. Jie yra organeliai, atsakingi už energijos (ATP pavidalu) gamybą ląstelėse. Taigi jie laikomi kameros jėgainėmis. Mitochondrijos turi savo genomą, kuris yra žiedinė DNR, paveldima motiniškai. Kinetoplastas yra žiedinės DNR tinklas, matomas dideliame Kinetoplastida klasei priklausančių organizmų mitochondrijoje. Todėl kinetoplastai matomi tik šiame eukariotiniame padomenyje.
