Pagrindinis skirtumas tarp epistazės ir pleiotropijos yra tas, kad epistasis yra reiškinys, kai vienas genas vienoje vietoje keičia fenotipinę geno išraišką kitoje vietoje, tuo tarpu pleiotropija paaiškina reiškinį, kai vienas genas veikia kelis fenotipinius bruožus.
Epistata ir pleiotropija yra du genetikos reiškiniai. Epistasis atsiranda, kai daugiau nei vienas genas lemia vieną fenotipą. Todėl epistazėje vienas genas daro įtaką kito geno, esančio skirtingoje vietoje, ekspresijai. Priešingai, pleiotropija įvyksta, kai vienas genas lemia kelis fenotipus. Vadinasi, vienas genas prisideda prie kelių savybių. Tiek epistasis, tiek pleiotropija yra Mendelio paveldėjimo variacijos.
