Pagrindinis skirtumas tarp polisacharidų ir konjuguotų vakcinų yra tas, kad polisacharidinėse vakcinose kaip antigenai yra tik laisvieji polisacharidai, o konjuguotose vakcinose yra polisacharidų kartu su baltymų molekule.
Polisacharidinės ir konjuguotos vakcinos yra dviejų tipų vakcinos. Polisacharidų vakcinose yra tik polisacharidų kapsulės, kurios yra antigenas imuniniam atsakui skatinti. Todėl jie sukelia nereikšmingą imuninį atsaką, palyginti su konjuguotomis vakcinomis. Konjuguotose vakcinose yra polisacharidų, konjuguotų su imunogeniniu baltymu. Vadinasi, jie sukelia stipresnį imuninį atsaką. Be to, konjuguotos vakcinos sukuria B ląstelių atmintį ir ilgalaikę imunizaciją. Šiuo metu konjuguotos vakcinos labai pakeitė polisacharidines vakcinas.
