Pagrindinis skirtumas tarp BMR ir rentgeno kristalografijos yra tas, kad BMR yra analitinė technika, naudojama organinių molekulių atomų tipui ir skaičiui nustatyti, o rentgeno kristalografija yra analizės technika, naudojama kristalo atominei ir molekulinei struktūrai nustatyti.
Terminas NMR reiškia branduolio magnetinį rezonansą. Šis terminas patenka į analitinės chemijos potemės spektroskopiją. Kita vertus, rentgeno kristalografija yra tam tikros rūšies kristalografinė technika, kai kristalų analizei naudojame rentgeno spindulį.