Pagrindinis skirtumas tarp substrato specifiškumo ir jungties specifiškumo yra tas, kad substrato specifiškumas yra fermento sugebėjimas pasirinkti tikslų substratą, su kuriuo jis gali susijungti iš panašių junginių grupės, o ryšių specifiškumas yra fermento galimybė pasirinkti substratus, turinčius panašius ryšius ir panašios struktūros.
Terminai substrato specifiškumas ir ryšių specifiškumas patenka į biochemijos sritį, atsižvelgiant į fermentų aktyvumą. Fermentą galime apibrėžti kaip biologinį katalizatorių. Tai reiškia, kad fermentai yra junginiai, galintys padidinti ląstelėse vykstančių biologinių funkcijų greitį, tačiau jie nevartojami šios funkcijos metu. Terminas specifiškumas reiškia konkretaus fermento ryšį su tam tikru substratu.
