Pagrindinis skirtumas tarp atsitiktinės ir įspaustos X inaktyvacijos yra tas, kad atsitiktinė X inaktyvacija yra tėvo ar motinos X chromosomos inaktyvavimas vienoda tikimybe epiblasto gastruliacijos metu, o įspausta X inaktyvacija yra atsitiktinė X iš tėvų gauto X inaktyvacija chromosomos papildomuose embrionų žinduolių audiniuose.
X inaktyvacija yra žinduolių patelėms būdingas procesas. Paprastai moterys turi dvi X chromosomas. Žinduolių patelėms viena X chromosoma tampa neaktyvi. Kitaip tariant, viena X chromosoma tampa neaktyvia transkripcija. Kai tai įvyksta, ši konkreti X chromosoma lieka neaktyvi visą ląstelės ir jos palikuonių organizme gyvenimą. Be to, inaktyvinta X chromosoma kondensuojasi į kompaktišką struktūrą, vadinamą Barro kūnu, ir ji stabiliai palaikoma tylioje būsenoje. Taip pat X inaktyvacijos procesas priklauso nuo dviejų nekoduojančių komplementarių RNR valdymo. Tačiau X inaktyvacija nevyksta vyrams, turintiems tik vieną X chromosomą. Be to, X inaktyvacija gali įvykti atsitiktinai arba dėl atspaudo.
