Pagrindinis skirtumas tarp X inaktyvacijos ir genomo atspaudo yra tas, kad X inaktyvacija yra procesas, kurio metu viena X chromosomos kopija yra inaktyvuojama kai kurioms moterims, o genomo atspaudas yra procesas, kuris priklauso nuo kilmės tėvo ir tai yra procesas, kurio metu genai yra skirtingai išreikšti.
X inaktyvacija ir genomo atspaudas yra du procesai, galintys sukelti monoalelinę išraišką. Paprastais žodžiais tariant, abu reiškiniai lemia vienos geno kopijos išjungimą. Genominis atspaudas vyksta specifiniuose genuose, o X inaktyvacija sukelia genų inaktyvaciją visoje X chromosomoje. Tačiau dėl abiejų procesų sumažėja genų ekspresija.