Pagrindinis skirtumas tarp aloantikūno ir autoantikūno yra tas, kad aloantikūnas yra antikūnas, gaminamas prieš aloantigenus, kurie yra svetimi antigenai, įvedami perpilant ar nėštumo metu. Tuo tarpu autoantikūnas yra antikūnas, kuris reaguoja su antigenais.
Antikūnai gaminami dėl imuninio atsako. Jie gali atspindėti imuninio atsako buvimą, pobūdį ir intensyvumą. Imuninė sistema turėtų atskirai identifikuoti antigenus ir svetimus antigenus. Jis yra labai svarbus savo funkcijai. Imuninės sistemos B ląstelės gamina antikūnus prieš antigenus. Alloantikūnai ir autoantikūnai yra dviejų tipų tokie antikūnai. Alloantikūnai gaminami dėl aloantigenų patekimo į organizmą perpylimo ar nėštumo metu. Priešingai, autoantikūnai yra antikūnai, kurie reaguoja su antigenais. Autoantikūnų reakcija su antigenais yra atsakinga už audinių ir organų uždegimą, pažeidimą ir disfunkciją, sukeliančią autoimuninių sutrikimų požymius ir simptomus.
