Esminis skirtumas tarp diferenciacijos ir morfogenezės yra tas, kad diferenciacija apibūdina, kaip ląstelės tampa specializuotos, kad galėtų atlikti unikalias funkcijas, o morfogenezė - gyvų organizmų formų vystymąsi.
Daugialąsčiai organizmai pradeda savo gyvenimą nuo vienos ląstelės, arba sudaro sporą, arba zigotą. Todėl ląstelių diferenciacija ir morfogenezė yra du skirtingi ir pagrindiniai procesai, vykstantys daugialąsčio organizmo vystymosi metu. Diferenciacija yra skirtingų specializuotų ląstelių tipų formavimo procesas. Tai lemia ląstelių ir audinių, kurie atlieka specifines organizmo funkcijas, brendimą. Kita vertus, morfogenezė yra skirtingų gyvų organizmų formų vystymosi procesas. Tai nustato ląstelių, audinių, organų ar organizmų formą.
