Pagrindinis skirtumas tarp imunosupresijos ir imunodeficito yra tas, kad imunosupresija reiškia imuninės sistemos efektyvumo sumažėjimą, o imunodeficitas - imuninės sistemos nesugebėjimą kovoti su infekciniais agentais.
Imuninė sistema aptinka daugybę infekcinių agentų, patenkančių į mūsų kūną, ir apsaugo mus nuo ligų. Todėl tai yra gynybinė sistema mūsų kūne. Ją sudaro įvairių tipų imuninės ląstelės. Imuninė sistema veikia per du posistemius: įgimtą imuninę sistemą ir adaptacinę imuninę sistemą. Sveiko žmogaus imuninė sistema veikia normaliai ir tai užkerta kelią ligų atsiradimui. Bet kai yra imuninės sistemos sutrikimų, ji neveikia aktyviai. Imunodeficitas yra tokia būklė, kai imuninės sistemos gebėjimas kovoti su ligomis tampa silpnas arba jo visai nėra; imunosupresija yra dar viena su imunine sistema susijusi būklė, kai sumažėja imuninės sistemos efektyvumas.