Pagrindinis skirtumas tarp GMO ir transgeninio organizmo yra tas, kad GMO yra organizmas, turintis dirbtinai pakeistą genomą, o transgeninis organizmas yra GMO, turintis pakitusį genomą, kuriame yra skirtingų rūšių DNR seka arba genas.
Genetiškai modifikuotas organizmas (GMO) ir transgeninis organizmas yra du terminai, kuriuos vartojame pakaitomis. Abiejų tipų organizmai turi pakitusį genomą, kuris buvo dirbtinai modifikuotas. Tačiau yra nedidelis skirtumas tarp GMO ir transgeninių organizmų. Nors abiejų genomai yra pakitę, transgeninis organizmas yra GMO, turintis DNR seką arba kitos rūšies geną. Taigi visi transgeniniai organizmai yra GMO, tačiau ne visi GMO yra transgeniniai.