Pagrindinis metabolizmo ir virškinimo skirtumas yra tas, kad metabolizmas yra visas organizme vykstančių biocheminių reakcijų rinkinys, o virškinimas yra didelių netirpių maisto molekulių skaidymas į mažas molekules, kurios gali būti absorbuojamos į kraują.
Tiek metabolizmas, tiek virškinimas yra svarbūs procesai, vykstantys gyvuose organizmuose. Kaip minėta pirmiau, metabolizmas reiškia visą cheminių ir fiziologinių reakcijų, vykstančių gyvame organizme, įskaitant gyvūnus ir augalus, rinkinį. Virškinimas, kuris yra maisto skaidymas, taip pat yra metabolizmo dalis.