Esminis skirtumas tarp VNTR ir zondo yra tas, kad VNTR yra trumpa nukleotidų seka, atsirandanti kaip tandemo kartojimasis genome, o zondas yra dirbtinai susintetinta trumpa DNR ar RNR seka, kurią galima žymėti radioaktyviai.
VNTR reiškia kintamo skaičiaus tandeminį pakartojimą. Tai trumpa nukleotidų seka, organizuota tandemo kartojimuose genome. VNTR natūraliai atsiranda mūsų genome. Zondas yra dirbtinai susintetinta trumpa DNR arba RNR seka. Tiek zondas, tiek VNTR yra nukleorūgštys arba trumpos nukleotidų sekos. Jie labai naudojami įvairiose molekulinėse biologinėse technikose, daugiausia teismo ekspertizėse. VNTR ir zondas turi tam tikrų panašumų ir skirtumų. Taigi straipsnyje bandoma pabrėžti skirtumą tarp VNTR ir zondo.