Pagrindinis skirtumas - zondas ir gruntas
Molekulinis zondas yra nedidelis DNR ar RNR fragmentas, kuris atpažįsta papildomas DNR ar RNR sekas ir leidžia nustatyti tikslinę seką. Gruntas yra nedidelis DNR ar RNR ruožas, kuris yra atspirties taškas DNR sintezei. Pradmenys ir zondai hibridizuojasi su papildomais DNR matricos arba tikslinės DNR nukleotidais. Tačiau pagrindinis skirtumas tarp zondo ir pradmens yra tas, kad pradmenys yra būtini DNR replikacijai, o zondai - specifinėms sekoms aptikti mėginio DNR.
TURINYS
1. Apžvalga ir pagrindiniai skirtumai
2. Kas yra zondas
3. Kas yra gruntas
4. Palyginimas greta - zondas ir gruntas
5. Santrauka
Kas yra zondas?
Zondas yra nedidelis DNR ar RNR fragmentas, naudojamas siekiant nustatyti tikslinę DNR arba RNR mėginyje molekulinės hibridizacijos būdu. Jie taip pat žinomi kaip molekuliniai žymenys. Zondo ilgis gali skirtis (nuo 100 iki 1000 bazių), o zondo nukleotidai papildo tikslinės sekos dalį. Kad būtų lengviau aptikti, zondai žymimi radioaktyviais izotopais arba fluorescuojančiais dažais ar antikūnais. Zondai jungiasi su papildomomis tikslinės sekos bazėmis ir atskleidžia tikslinės DNR ar RNR buvimą mėginyje. Yra du pagrindiniai zondų ženklinimo būdai: pabaigos žymėjimas ir slapyvardžio vertimas. Zondai skirstomi į skirtingus tipus, įskaitant DNR zondus, RNR zondus, cDNa zondus ir sintetinius oligonukleotidų zondus, ir jie paruošiami naudojant skirtingas technikas.
Zondai yra svarbios priemonės daugelyje mikrobų ir molekulinių sričių, tokių kaip virusologija, teismo patologija, tėvystės tyrimai, DNR pirštų atspaudai, genetinių ligų nustatymas, RFLP, molekulinė citogenetika, in vitro hibridizacija ir kt.
01 paveikslas: Fluorescenciškai pažymėtas zondas, naudojamas FISH patogenams aptikti
Kas yra gruntas?
Gruntas yra trumpas DNR arba RNR fragmentas, kuris yra DNR sintezės iniciatorius. DNR polimerazės fermentas prideda nukleotidus prie pradinio sekos 3'OH grupės ir sintetina naują grandinę, komplementarią DNR matricai. Pradmenys yra labai trumpi fragmentai, kurių ilgis yra nuo 18 iki 20 nukleotidų. Jie chemiškai sintetinami laboratorijoje, kad būtų galima in vitro DNR amplifikuoti (PGR). Pradmenys gali turėti bet kokią nukleotidų seką, nes juos suprojektavo vartotojas. Jie yra sintetinami, kad atitiktų DNR šablono papildomas bazes. Todėl jis gali turėti bet kurią nukleotidų seką. Gruntai yra nepaprastai svarbūs DNR replikacijai, nes DNR polimerazė negali sintetinti naujos DNR be jau egzistuojančio DNR gabalo. Kuriant pradmenis PGR, reikia atsižvelgti į šiuos dalykus:
- Praduose turėtų būti papildomi nukleotidai prie DNR, kuris nori sustiprėti, galo.
- Gruntų lydymosi temperatūra turėtų būti nuo 55 iki 65 0 C
- G ir C kiekis turėtų būti nuo 50 iki 60%.
Du pradmenys naudojami PGR, kaip pirmyn ir atgal, norint pakartoti abi mėginio DNR grandines. Pradmenys dažniausiai naudojami atliekant PGR ir DNR sekos nustatymą.
02 paveikslas: grunto atkaitinimas PGR
Koks skirtumas tarp zondo ir grunto?
Skirtingas straipsnis viduryje prieš lentelę
Zondas vs gruntas |
|
| Zondas yra nedidelis DNR / RNR fragmentas, naudojamas molekulinės hibridizacijos būdu nustatyti tikslinės sekos buvimą mėginyje. | Primer yra mažas DNR ar RNR ruožas, kuris yra atspirties taškas DNR replikacijai. |
| Funkcija | |
| Tai nustato specifinės sekos buvimą DNR ar RNR mėginyje. | Tai veikia kaip atspirties taškas DNR sintezei. |
| Ilgis | |
| Ilgis gali būti nuo 100 iki 1000 bazių | Paprastai ilgis yra apie 18 - 20 pagrindų |
| Susiejimas su papildomu seka | |
| Zondas hibridizuojasi su papildomomis tikslinės sekos bazėmis | Gruntas atkuria papildomas DNR grandinių bazes. |
| Ženklinimas | |
| Zondai yra paženklinti, kad būtų lengviau juos aptikti | Gruntai paprastai nėra paženklinti |
| Naudokite PGR | |
| PGR nėra naudojami zondai | PGR naudojami gruntai |
Santrauka - zondas ir gruntas
Zondas yra nedidelis DNR ar RNR sekos fragmentas, kurį galima hibridizuoti su komplementariais nukleotidais, kad būtų galima nustatyti tikslinę seką mėginyje. Norėdami pamatyti tikslinės sekos buvimą, zondai žymimi radioaktyviai, imunologiškai arba fluorescuojančiai. Primer yra labai mažas DNR ar RNR fragmentas, kuris yra atspirties taškas DNR amplifikacijai in vitro. DNR polimerazė identifikuoja 3 'OH grupės pradmenis ir inicijuoja naujos grandinės, papildančios šabloną, statybą. Zondai ir pradmenys veikia panašiai, hibridizuodamiesi su komplementariais nukleotidais. Taigi pagrindinis skirtumas tarp zondo ir grunto yra pagrindinė jų funkcija.
