Vienas pagrindinių histologijos ir citologijos skirtumų yra tas, kad histologija yra biologijos šaka, tirianti gyvūnų ir augalų audinius mikroskopu, o citologija yra kita biologijos šaka, tirianti ląsteles mikroskopu. Be to, histologiniai tyrimai yra platesni, išsamesni ir brangesni nei citologiniai tyrimai.
Kiekvienas gyvas organizmas žemėje sudaro ląstelę arba ląstelių rinkinį, išskyrus virusus. Ląstelė yra mažiausias struktūrinis ir funkcinis organizmo vienetas. Audinys yra ląstelių grupė, atliekanti bendrą funkciją ir turinti panašią kilmę. Įvairių rūšių audiniai veikia kartu ir sudaro organą. Organų sistema yra organų rinkinys. Panašiai gyvūno ar augalo kūnas apima skirtingus organizacijų lygius, o kiekvieno lygio sudėtingumas - nuo ląstelių iki organų sistemų ir organizmų. Taigi vienaląsčiai organizmai turi paprastą struktūrą, o dauguma daugialąsčių organizmų - labai sudėtingas. Histologija ir citologija yra dvi biologijos šakos, kurios mikroskopiškai tiria gyvūnų ir augalų audinius bei ląsteles.
