Pagrindinis skirtumas tarp histopatologijos ir citologijos yra tas, kad histopatologija yra sergančių audinių tyrimas naudojant mikroskopą, o citologija - atskirų kūno ląstelių tyrimas.
Ląstelės yra pagrindiniai gyvenimo struktūriniai vienetai. Diagnozuojant ligų medicinoje ląsteles ir ištisus audinius tiria patologai. Audinių tyrimas, susijęs su liga, yra žinomas kaip histopatologija. Priešingai, vienos ląstelės tipo tyrimas yra žinomas kaip citologija. Todėl histopatologija žiūri į audinius, o citologija - į atskiras ląsteles.
