Esminis skirtumas tarp plazmidės ir chromosomos yra tas, kad plazmidė yra apskrito formos dvigubos grandinės papildomų chromosomų DNR bakterijų struktūra, o chromosoma yra gerai organizuota į siūlus panaši struktūra, kurioje yra genominė DNR, glaudžiai suvyniota su baltymais.
Bakterijos ląstelėje yra chromosoma ir keli papildomų chromosomų DNR apskritimai, vadinami plazmidėmis. Bakterijų chromosomoje yra genominė bakterijų DNR. Be to, eukariotų genominė DNR taip pat egzistuoja kaip chromosomos. Žmogaus genomas turi 46 chromosomas. Paprastai plazmidžių yra bakterijose ir archėjose. Nors bakterijos turi plazmidžių, plazmidėse nėra genų, kurie yra būtini bakterijų išlikimui ir pagrindinėms jų funkcijoms. Tačiau plazmidėse yra keli genai, kurie suteikia papildomų bakterijų pranašumų, tokių kaip atsparumas antibiotikams, sausros toleravimas, atsparumas herbicidams ir kt. Šio straipsnio tikslas yra išsamiai aptarti skirtumą tarp plazmidės ir chromosomos.