Pagrindinis skirtumas tarp HPLC ir GC yra tas, kad HPLC naudojama kieta stacionari fazė ir skysta judri fazė, o GC - skysta stacionari fazė ir dujinė judanti fazė.
HPLC ir GC yra abu junginių atskyrimo nuo mišinio metodai. Nors HPLC nurodo aukšto slėgio skysčių chromatografiją, GC yra tiesiog dujų chromatografija. Taigi, HPLC taikoma sudedamosioms dalims, kurios yra skysčiai, tačiau GC yra naudinga, kai junginiai yra dujiniai arba junginiai, kurie separacijos proceso metu garuoja. Tačiau abiejų principas yra tas, kad sunkiosios molekulės teka lėčiau nei lengvesnės.
