Pagrindinis skirtumas tarp prokariotinio ir eukariotinio genomo yra tas, kad prokariotinis genomas yra citoplazmoje, o eukariotinis genomas apsiriboja branduoliu.
Genomas reiškia visą organizmo DNR kolekciją. Kitaip tariant, genomas yra genetinė organizmo medžiaga, kurioje yra visa genetinė informacija. Dauguma organizmo turi genomą, pagamintą iš DNR. Tačiau kai kurie genomai yra RNR pagrindu. Pavyzdžiui, tam tikri virusai turi RNR genomus. Atsižvelgiant į bendrą organizmo genetinę medžiagą, jis neapima tik genų ar koduojančių sekų. Ji apima ir genus, ir nekoduojančias DNR sekas.
Kadangi genetinė informacija yra genome genų pavidalu, genai, norėdami gaminti baltymus, transkripcijos ir transliacijos metu. Yra skirtumas tarp prokariotinių ir eukariotų genomo raiškos procesų. Be to, abiejų genomų saugojimas ir replikacija taip pat skiriasi tarp prokariotų ir eukariotų. Bet DNR struktūra abiejuose organizmuose išlieka ta pati („Double Helix“). Pagrindinis skirtumas tarp prokariotinio ir eukariotinio genomo yra susijęs su organizmų ląstelių organizavimu ir tuo, kur yra genomas.
