Pagrindinis skirtumas - cDNA ir genominė biblioteka
Yra du pagrindiniai DNR bibliotekų tipai, kuriuos mokslininkai sukūrė naudodami genų inžinerijos metodus. Tai yra cDNA ir Genomic biblioteka. Esminis skirtumas tarp cDNR ir genomo bibliotekos yra tas, kad kDNR bibliotekoje yra klonuota komplementari viso organizmo mRNR DNR, o genomo DNR bibliotekoje yra viso organizmo genomo klonuoti fragmentai. Genomo DNR biblioteka yra didesnė už cDNR biblioteką.
TURINYS
1. Apžvalga ir pagrindiniai skirtumai
2. Kas yra cDNR biblioteka
3. Kas yra genomo biblioteka
4. Palyginimas greta - kDNR ir genomo biblioteka
5. Santrauka
Kas yra genomo biblioteka?
Genominės DNR biblioteka yra klonų rinkinys, turintis viso organizmo genomo DNR fragmentus. Jame yra visa to organizmo genominė DNR, įskaitant koduojančias ir nekoduojamas sekas. Genominės bibliotekos statybą vykdo rekombinantinė DNR technologija, po kurios seka klonavimas (genų inžinerija). Konstrukcijoje yra skirtingi etapai, kaip parodyta 01 paveiksle. Procesas prasideda nuo genomo DNR išskyrimo. Taikant tinkamą DNR ekstrahavimo protokolą, reikia išskirti bendrą organizmo genominę DNR. Tada DNR turėtų būti konvertuojama į valdomus dydžius arba į specifinius fragmentus restrikcijos endonukleazėmis (DNR pjovimo fermentais). Suskaidytą DNR reikia įterpti į vektorius naudojant DNR ligazes (DNR jungiančius fermentus). Vektorius yra save replikuojantis organizmas. Rekombinantinės DNR technologijoje paprastai naudojami plazmidžiai ir bakteriofagai. Šie susieti vektoriai yra žinomi kaip rekombinantinės DNR molekulės, nes jie turi ir savo, ir įdėtų DNR sekų. Rekombinantiniai vektoriai pridedami prie bakterijos šeimininkės ir pagaminti taip, kad pasisavintų bakterijos ląstelės viduje esančius rekombinantinius vektorius. Bakterijos su rekombinantiniais vektoriais (plazmidėmis) turėtų būti auginamos kultūros terpėje. Bakterijų dauginimosi metu bakterijų DNR kartu su rekombinantinėmis plazmidėmis pakartoja jų genomus ir gamina klonus. Šiuose klonuose yra visas pirminio organizmo genomas. Vadinasi, ji vadinama genomo biblioteka. Plazmidės gali būti lengvai atskiriamos nuo bakterijų chromosomų DNR, kad būtų galima sukurti to organizmo genomo biblioteką. Jei tam tikrame organizme yra susidomėjusių genų,tai lengva aptikti genomo bibliotekoje hibridizacijos būdu naudojant molekulinius zondus (žymenis).
Genomo bibliotekos yra svarbios tiriant genomo struktūrą ir funkciją, specifinius genus, genų vietą, genų kartografavimą, mutacijas, genų sekos nustatymą, naujų terapinių genų identifikavimą ir kt.
_1 paveikslas: Genominės bibliotekos statyba
Kas yra cDNR biblioteka?
KDNR biblioteka yra komplementarių DNR (cDNR) klonų rinkinys, sintetinamas iš visos organizmo mRNR. Statybos procedūra apima skirtingus etapus. Pirmasis žingsnis yra visos mRNR gryninimas iš organizmo. Izoliuota MRNR virsta cDNR grandinėmis procesu, vadinamu atvirkštine transkripcija. Atvirkštinę transkripciją palengvina fermentas, vadinamas atvirkštine transkriptaze. Jis naudoja mažą 3 'pradmenį ir inicijuoja pirmosios kDNR grandinės, komplementarios šablono mRNR grandinei, sintezę. Gautos dvigubos grandinės cDNR paverčiamos mažesniais fragmentais, naudojant restrikcijos endonukleazes, ir įterpiamos į tinkamus vektorius. Šios sukonstruotos rekombinantinės molekulės dedamos į organizmą-šeimininką ir auginamos kultūros terpėje, kad gautų klonus. Klonų, kuriuose yra organizmo cDNR fragmentai, rinkinys yra žinomas kaip cDNR biblioteka. Visiškai supjaustytoje brandžioje MRNR nėra intronų ir reguliavimo regionų. Todėl nekoduojančių fragmentų cDNR bibliotekose nėra, kitaip nei genomo bibliotekoje.
kDNR bibliotekos yra svarbios analizuojant koduojančius regionus, genų funkcijas, genų raišką ir kt.
_2 paveikslas: cDNR bibliotekos konstravimas
Kuo skiriasi cDNR ir Genomikos biblioteka?
Skirtingas straipsnis viduryje prieš lentelę
cDNA ir genominė biblioteka |
|
| cDNR biblioteka yra klonų, turinčių komplementinę DNR prie organizmo iRNR, rinkinys | Genomo biblioteka yra klonų, turinčių bendrą organizmo genominę DNR, rinkinys. |
| Kodavimas ir nekodavimo sekos | |
| cDNR bibliotekoje yra tik koduojančios sekos; joje nėra intronų. | Genomo biblioteką sudaro visa genominė DNR, įskaitant nekoduojančią (intronų ir reguliavimo) DNR. |
| Dydis | |
| kDNR biblioteka yra maža. | Genomikos biblioteka yra didelė. |
| Pradinė medžiaga | |
| Pradinė medžiaga yra mRNR | Pradinė medžiaga yra DNR. |
| Atvirkštinės transkripcijos įtraukimas. | |
| Atvirkštinė transkripcija vyksta pirmosios kDNR grandinės sintezės metu. | Atvirkštinė transkripcija nevyksta. |
Santrauka - cDNR ir genomo biblioteka
Genomo biblioteka atspindi klonų, turinčių suskaidytą bendrą organizmo genomą DNR, populiaciją. cDNR biblioteka atspindi klonų, turinčių visos organizmo mRNR komplementinę DNR, populiaciją. KDNR klone yra tik sekos, rastos iRNR, o genominiame klone yra viso genomo sekos. Tai yra skirtumas tarp cDNR ir genomo bibliotekos.
