Esminis skirtumas tarp endopeptidazės ir egzopeptidazės yra tas, kad endopeptidazė baltymo molekulėse nutraukia peptidinius ryšius, o egzopeptidazė skaido peptidinius ryšius baltymų molekulių galuose.
Baltymai yra svarbios makromolekulės, kurios yra būtinos daugumai visų organizmų vykstančių biocheminių reakcijų. Skirtingos aminorūgštys susijungia ir sudaro šiuos baltymus. Be to, fermentai katalizuoja baltymų hidrolizę atgal į aminorūgštis. Jie yra specifiniai fermentai, vadinami proteazėmis arba peptidazėmis. Todėl jie gali suskaidyti baltymų peptidines grandines į aminorūgštis. Be to, peptidazės gali būti endopeptidazės arba egzopeptidazės.
