Esminis skirtumas tarp metalofermentų ir metalų aktyvuotų fermentų yra tas, kad metalofermentai kaip kofaktorius turi tvirtai surištą metalo joną, tuo tarpu metalu aktyvintuose fermentuose esantys metalų jonai nėra tvirtai surišti.
Kai kurių fermentų aktyvumas priklauso nuo metalo jonų, nes šie metalo jonai veikia kaip kofaktoriai. Šie fermentai skirstomi į dvi pagrindines kategorijas: metalofermentai ir su metalu aktyvuoti fermentai. Todėl šie fermentai skiriasi vienas nuo kito pagal sandariai sujungtų metalų jonų buvimą ar nebuvimą. Aptarkime daugiau informacijos apie šiuos fermentus.