Pagrindinis skirtumas tarp atominio deguonies ir molekulinio deguonies yra tas, kad atominis deguonis yra labai reaktyvus ir jo nėra atmosferoje, kaip yra, o molekulinis deguonis yra mažiau reaktyvus ir egzistuoja atmosferoje kaip yra. Be to, atominis deguonis yra laisvasis radikalas, turintis simbolis O (3P), tuo tarpu molekulinio deguonies yra Dwuatomowy deguonies turintis simbolis O 2.
Deguonis yra cheminis elementas, turintis atominį skaičių 8. Tačiau, kalbėdami apie deguonį, naudojamą bendrai, kalbame apie kvėpuojamą molekulinį deguonį. Jis turi du deguonies atomus, sujungtus vienas su kitu per kovalentinį ryšį. Atominis deguonis turi vieną deguonies atomą. Todėl jis negali egzistuoti kaip atskira cheminė rūšis dėl didelio reaktyvumo.
