Pagrindinis skirtumas tarp molekulinio dokavimo ir taškų skaičiavimo yra tas, kad dokavimas yra technika, naudojama nustatant dviejų molekulių prisijungimo afinitetą, tuo tarpu taškų skaičiavimas yra tam tikros pozos įvertinimo procesas, skaičiuojant palankių tarpmolekulinių sąveikų skaičių.
Molekulinio modeliavimo srityje vartojami terminai „molekulinis jungimas“ir „taškų nustatymas“. Molekulinis modeliavimas yra technika, naudojama nustatyti galimus skirtingų molekulių išdėstymus tam tikroje medžiagoje. Ši technika yra svarbi kuriant naujus stabilius junginius.
