Pagrindinis skirtumas tarp prokariotinės ir eukariotinės topoizomerazės yra ląstelinė topoizomerazės kilmė. Prokariotinės topoizomerazės yra prokariotinės ląstelinės kilmės ląstelėse, o eukariotinės topoizomerazės yra tarp organizmų, turinčių eukariotų ląstelių kilmę. Be to, jie taip pat skiriasi paskirstymu. Prokariotinės topoizomerazės yra ląstelės citoplazmoje, o eukariotinės topoizomerazės pasiskirsto branduolyje.
Izomerazė yra fermentų grupė, kuri katalizuoja struktūrinį molekulių pertvarkymą. Topoizomerazė yra viena iš izomerazių rūšių. Jis modifikuoja DNR molekulės topologiją, reguliuodamas DNR supervyniojimą. Jis supjausto ir uždaro vieną ar abi DNR duplekso sruogas. Todėl DNR sugeba atlikti replikaciją, transkripciją, atstatyti ir chromosomų segregaciją. Yra dviejų tipų topoizomerazės, būtent topoizomerazės I ir II.
