Pagrindinis skirtumas tarp protostomų ir deuterostomų yra tas, kad protostomose blastopore tampa burna, o deuterostomose - išange. Kitas didelis skirtumas yra tas, kad protostomų embrionai yra skaidomi spirale, o deuterostomų embrionai - radialiai.
Suprantant šiuos du terminus, svarbu atkreipti dėmesį į tai, kaip vyksta organizmų embriono vystymasis. Ypač svarbu būtų atsižvelgti į gyvūnus, kurių koelomas yra skysčių pripildyta ertmė, esanti tarp endodermos (žarnyno) ir mezodermos (dažniausiai raumenų sluoksnio); kitaip tariant, coelom yra žinduolių pilvaplėvė. Protostomos ir deuterostomos yra du pagrindiniai koelomatinių gyvūnų tipai, tarp jų yra daug skirtumų. Jie pirmiausia skiriasi tuo, kaip jų burna ir išangė susidaro embriono vystymosi metu.
