Pagrindinis skirtumas - „Exome“ir „RNR“sekos nustatymas
Nukleorūgščių sekvenavimas yra technika, kuri nustato nukleotidų eilę tam tikrame organizmo DNR ar RNR fragmente. Eilės nustatymas yra svarbus nustatant ląstelės DNR ir RNR struktūrą ir atskiriant tam tikrus genus, kurie koduoja funkcinius baltymus; taigi seka gali būti naudojama suprasti šių genų mutacijas ir genų išraiškas. Sanger sekvenavimo metodas arba pažangesni naujos kartos sekvenavimo metodai yra dažniausiai naudojami sekvenavimo metodai. Exome sekvenavimas yra viso organizme esančių egzonų arba koduojančių DNR sričių sekos sekvencija, o RNR sekvenavimas yra Ribonukleino rūgščių (RNR) sekos procedūra. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp egzomo ir RNR sekos.
TURINYS
1. Apžvalga ir pagrindiniai skirtumai
2. Kas yra egzomų sekvenavimas
3. Kas yra RNR sekos nustatymas
4. Exome ir RNR sekvenavimo panašumai
5. Šoninis palyginimas - Exome ir RNR sekos lentelės forma
6. Santrauka
Kas yra Exome sekvenavimas?
Exome yra genomo pogrupis, kurį sudaro koduojantys konkretaus organizmo genai. Koduojantys genai įvardijami kaip egzonai ir perrašomi į mRNR, o paskui paverčiami į aminorūgščių sekas. Vykstant transkripcijos modifikacijoms, RNR splaisingo mechanizmas eukariotuose pašalina intronus (nekoduojančius regionus), o egzonai lieka. Yra du pagrindiniai būdai, kuriais atliekama egzomų sekos nustatymas: tirpalas ir masyvas.
Tiriant tiriamą egzomų sekvenciją, DNR mėginiai fragmentuojami naudojant restrikcijos fermentus arba mechaniniu būdu ir denatūruojami šiluma. Taikant šią metodiką, biotinilinti oligonukleotidiniai zondai (jaukai) naudojami selektyviai hibridizuotis su genomo tikslinėmis sritimis. Susiejimo etape naudojami magnetiniai streptavidino karoliukai. Po surišimo atliekamas plovimo etapas, kai nesuvaržytos ir netikslinės sekos nuplaunamos. Susieti taikiniai amplifikuojami naudojant polimerazės grandininę reakciją (PGR) ir tada sekvenuojami naudojant Sanger sekvenavimo arba naujos kartos sekvenavimo metodus.
01 pav. Exome sekos nustatymas
Masyvu pagrįstas metodas taip pat yra panašus į tirpalu pagrįstą metodą, išskyrus tai, kad DNR fragmentai sugaunami į mikro masyvą, o po to sekami sekimo ir plovimo etapai.
Exome sekvenavimas naudojamas daugelyje programų, tokių kaip genetinė ligų diagnostika, genų terapija, naujų genetinių žymenų nustatymas, žemės ūkis, siekiant nustatyti įvairius naudingus agronominius bruožus, ir augalų selekcijos procedūros.
Kas yra RNR sekos nustatymas?
RNR sekos nustatomos remiantis transkriptu, kuris yra pilnas ląstelės nuorašas. Pagrindiniai RNR sekos nustatymo tikslai yra kataloguoti visas transkripcijos rūšis, įskaitant mRNR, nekoduojančią RNR ir mažą RNR, nustatyti genų transkripcijos struktūrą ir kiekybiškai įvertinti kiekvieno transkripcijos ekspresijos lygį vystymosi metu. RNR sekos metu sekvenavimui iš pradžių buvo naudojamos hibridizacijos technologijos (kurios buvo papildomos DNR, gautos iš subrendusių mRNR sekų). Šiuo metu RNR sekos nustatymui naudojama tikslesnė ir pažangesnė perteikimo technika.
02 paveikslas: RNR sekos nustatymas
RNR sekos metu RNR, kuri gali būti bendra RNR arba frakcionuota RNR, mėginys paverčiamas į jos komplementarią DNR (cDNR) naudojant atvirkštinę transkripciją ir paruošiama cDNR biblioteka. Kiekvienas cDNR fragmentas yra pritvirtintas prie adapterių abiejose pusėse (porų galų sekos nustatymas) arba iš vienos pusės (vieno galo sekvenavimas). Šios žymimos sekos yra sekvenuojamos naudojant Sanger sekvenavimą arba naujos kartos, pvz., Exome sekvenavimą.
Kokie yra Exome ir RNR sekos panašumai?
- Trumpai parinkti fragmentai arba visas DNR / RNR rinkinys gali būti naudojami Exome arba RNR sekvenavimui.
- Sekos fragmentai saugomi bibliotekose.
- Galima naudoti sekos seką arba naujos kartos seką.
- Abu šie metodai yra in vitro sekos nustatymo metodai.
- Sekvenuotus fragmentus galima nustatyti fluorescuojančiomis žymomis.
Koks skirtumas tarp egzomo ir RNR sekos?
Skirtingas straipsnis viduryje prieš lentelę
„Exome“vs RNR sekos nustatymas |
|
| Exome sekvenavimas yra viso organizme esančių egzonų arba koduojančių DNR sričių sekos nustatymas. | RNR sekvenavimas reiškia ribonukleino rūgščių (RNR) sekos nustatymo procedūrą; stenograma. |
| Pradinis pavyzdys | |
| Genominė DNR yra pradinis egzomų sekos nustatymo pavyzdys. | RNR yra pradinis RNR sekos nustatymo pavyzdys. |
| Kompozicija | |
| Jame yra tik koduojantys visos DNR, vadinamų „Exons“, regionai | Jame yra RNR-mRNR / transkripto. |
| Sekos nustatymas | |
| Yra du pagrindiniai egzomų sekvenavimo metodai; sprendimų ir masyvų technologijomis. | RNR sekos nustatomos paruošiant cDNR biblioteką, ekstrahuojant bendrą RNR arba fragmentuotą RNR. |
Santrauka - Exome ir RNR sekos
Exome yra visas organizmo koduojančių regionų rinkinys, o tikslios Exome nukleotidų eilės nustatymo metodai yra žinomi kaip egzomų sekvenavimas. RNR sekos nustatymas yra metodas, naudojamas organizmo RNR nukleotidų eilės nustatymui. Tai yra skirtumas tarp egzomo ir RNR sekos.
Atsisiųskite „Exome vs RNA Sequencing“PDF versiją
Galite atsisiųsti šio straipsnio PDF versiją ir naudoti ją neprisijungus, kaip nurodyta citatos pastaboje. Atsisiųskite PDF versiją čia Skirtumas tarp „Exome“ir RNR sekos
