Pagrindinis skirtumas tarp mutageno ir teratogeno yra tas, kad mutagenas yra medžiaga ar agentas, sukeliantis individo DNR sekos pokyčius, o teratogenas yra agentas, kuris nėštumo metu daro žalą vaisiui ar besivystančiam embrionui.
Mutagenai ir teratogenai paprastai yra cheminiai veiksniai. Tačiau fiziniai ir biologiniai veiksniai taip pat gali veikti kaip mutagenas arba teratogenas. Tai gali sukelti labai kenksmingą ar mirtiną poveikį žmonėms. Tačiau tobulinant biotechnologijas atsirado naujų įžvalgų apie mutagenų ir teratogenų sąvokas.