Pagrindinis skirtumas tarp helikazės ir topoizomerazės yra tas, kad helikazė yra fermentas, kuris atskiria dvi papildomas DNR grandines, nutraukdamas vandenilio ryšius tarp dviejų grandinių bazių, o topoizomerazė yra fermentas, kuris pašalina teigiamas ir neigiamas super rites, susidariusias per DNR atsukimo procesą, pjaunant ir uždaryti vieną ar abi DNR duplekso sruogas.
DNR yra dviguba spiralė. Jis egzistuoja dviejose komplementariose grandinėse, sujungtose vandenilio jungtimis. DNR replikacijai, transkripcijai ir DNR taisymui reikalingos dvi grandinės, kurios turi būti atskirtos viena nuo kitos, kad būtų galima pagaminti naujas kopijas, pagaminti mRNR ir pridėti nukleotidų. Šiuo metu veikia du fermentai - helikazė ir topoizomerazė. Todėl tiek helikazė, tiek topoizomerazės yra būtinos, norint išsiskleisti DNR. Helikazė atskiria dvigubas grandines DNR į pavienes grandines, nutraukdama vandenilinius ryšius tarp nukleotidų bazių porų dviguboje grandinėje. Priešingai, topoizomerazė išskleidžia DNR posūkį ir palengvina DNR superalkos pobūdį, perpjaudama DNR fosfato pagrindą vienoje arba abiejose grandyse.
