Pagrindinis skirtumas tarp homodimero ir heterodimero yra tas, kad homodimeras yra baltymas, pagamintas iš dviejų identiškų baltymų, o heterodimeras yra baltymas, pagamintas iš dviejų skirtingų baltymų.
Baltymai yra biomolekulė, sudaryta iš aminorūgščių grandinių. Baltymų dimeras yra ketvirtinio baltymo struktūra, susiformavusi susijungus dviem baltymų monomerams arba dviem aminorūgščių grandinėms. Paprastai jie jungiasi tarpusavyje nekovalentiniais ryšiais. Baltymų dimerai yra arba homodimerai, arba heterodimeriai. Homodimeras turi du identiškus baltymus, kurie nėra kovalentiškai surišti. Heterodimeris turi du skirtingus baltymus, sujungtus kartu. Ši baltymo dimerio sąveika yra svarbi reguliuojant ir katalizuojant.