Pagrindinis skirtumas tarp BCAA ir aminorūgščių yra tas, kad BCAA yra šakotos grandinės aminorūgštis, turinti alifatines šonines grandines su šaka, o aminorūgštys yra organiniai junginiai, turintys aminogrupių, karboksirūgščių grupes ir specifinę šoninę grandinę.
Aminorūgštys yra baltymų pagrindas. Aminorūgšties savybes lemia šoninė aminorūgščių grupė (R). Todėl ši šalutinė grupė yra specifinė aminorūgštims. Kitaip tariant, skirtingos aminorūgštys turi skirtingas šalutines grupes. Tačiau BCAA turi papildomą unikalumą; centrinis anglies atomas, susietas su trimis ar daugiau anglies atomų.
