Pagrindinis skirtumas tarp kiaušidžių ciklo ir menstruacinio ciklo yra tas, kad kiaušidžių ciklas yra ciklas, vykstantis kiaušidėse, o menstruacinis ciklas yra gimdoje, susijęs su gimdos sienele.
Kiaušidžių ciklas ir menstruacinis ciklas yra du moterų ciklai. Šie du ciklai paruošia moterį pastoti ir pagimdyti atžalą bei tapti mama. Abu ciklai vyksta moterų reprodukcinėje sistemoje. Taigi, tai yra hormonų reagavimo ciklai. Moterys išgyvena šiuos du ciklus nuo brendimo iki menopauzės. Įvykių serija vyksta per šiuos du ciklus, ir juos daugiausia lemia hormonai. Nėštumui pasibaigus, abu ciklai sustos, ir tai atlieka hormonas, vadinamas žmogaus chorioniniu gonadotropinu (hCG).
