Pagrindinis skirtumas tarp alogamijos ir autogamijos yra tas, kad alogamija yra vyrų ir moterų lytinių ląstelių susiliejimas, kilęs iš dviejų skirtingų asmenų, o autogamija - to paties asmens vyriškos ir moteriškos lytinės ląstelės. Dar vienas skirtumas tarp alogamijos ir autogamijos atsižvelgiant į išaugintus palikuonis yra tas, kad alogamija sukuria genetiškai skirtingus palikuonis, o autogamija - genetiškai identiškus palikuonis.
Vyriškosios lytinės ląstelės susiliejimas su lytine lytine ląstele yra apvaisinimas. Dėl apvaisinimo išsivysto zigota, tada ji dalijasi ląstelėmis, kad gautų naują palikuonį. Be to, tręšimas gali būti dviejų rūšių; savęs apvaisinimas arba kryžminis apvaisinimas. Alogamija yra kryžminio apvaisinimo sinonimas, o autogamija - savęs apvaisinimo sinonimas.
