Pagrindinis skirtumas tarp QTL ir GWAS priklauso nuo analizėje naudojamų sekų tipo. QTL naudoja susiejimo genų lokusus, kad analizuotų fenotipinius požymius, susijusius su poligeniniu paveldėjimu, o GWAS naudoja visas genomo sekas, kad analizuotų tam tikros būklės pavienius nukleotidų polimorfizmus.
QTL žemėlapiai ir GWAS vaidina svarbų vaidmenį atliekant skirtingų požymių genetinę analizę. Be to, jie yra svarbūs analizuojant įvairias ligas, kurių etiologija nežinoma. Be to, seka atlieka pagrindinį vaidmenį abiejose technikose. Šie metodai gali būti toliau derinami su kitomis didelio našumo technikomis, siekiant didesnio tikslumo ir tikslumo.
