Pagrindinis skirtumas tarp patofiziologijos ir patogenezės yra tas, kad patofiziologija paaiškina dažniausiai ligos metu pastebimas sąlygas, taip pat organizme veikiančius procesus ar mechanizmus, o patogenezė paaiškina ligos kilmę ir vystymąsi bei tai, ar liga yra ūmi, lėtinė ar pasikartojanti.
Patofiziologija ir patogenezė yra du panašūs terminai, vartojami paaiškinant ligos atsiradimą ir susijusius mechanizmus bei ypatybes. Patofiziologija susijusi su sąlygomis, stebimomis ligos būsenos metu, ir organizmo procesais. Patogenezėje daugiausia dėmesio skiriama ligos kilmei ir vystymuisi. Abu tyrimai yra svarbūs diagnozuojant ligą ir užkertant kelią jos plitimui.
