Pagrindinis skirtumas tarp chimeros ir mozaikos yra zigotų, dalyvaujančių formuojantis kiekvienam organizmui, skaičius. Skirtingos ląstelių populiacijos atsiranda iš dviejų chimeros zigotų, o skirtingos ląstelių populiacijos - iš vienos mozaikos zigotos.
Chimera ir mozaika iš pradžių buvo mitinės genetinio derinio sąvokos. Tačiau tobulėjant genetikai ir molekulinei biologijai, dabar buvo įmanoma moksliškai paaiškinti chimerizmo ir mozaikos reiškinius. Tiek chimerizme, tiek mozaikoje kai kurios kūno ląstelės turi skirtingą genomą. Taigi tame pačiame audinyje gali būti dvi ar daugiau skirtingų ląstelių populiacijų. Be to, dvi zigotos dalyvauja formuojant embrioną, kuris išsivysto į chimerą, o viena zigota dalyvauja formuojant embrioną, kuris išsivysto į mozaiką. Ankstyvojo vystymosi mutacija yra mozaikos priežastis, o dviejų skirtingų zigotų dalyvavimas yra chimerizmo priežastis.
