Pagrindinis skirtumas tarp fukoidano ir fukoksantino yra tas, kad fukoidanas yra fukozės turintis sulfatuotas polisacharidas, esantis skirtingose rudųjų dumblių ir rudųjų jūros dumblių rūšyse, o fukoksantinas yra ksantofilas, esantis kaip papildomas pigmentas rudųjų dumblių ir kitų heterokontų chloroplastuose.
Jūrų ekosistemos sudaro florą ir fauną. Jie turi didelę rūšių įvairovę. Be to, šiose rūšyse yra įvairių žmonėms naudingų junginių. Jūrų ekosistemose iš šių rūšių išgaunamos biomolekulės turi skirtingą terapinį potencialą. Fukoidanas ir fukoksantinas yra du tokie junginiai, esantys jūros ekosistemose, daugiausia ruduosiuose dumbliuose. Nors jie chemiškai skiriasi, abu junginiai šiuo metu naudojami skirtingiems tyrimų tikslams, siekiant nustatyti jų, kaip terapinių, potencialą.