Pagrindinis skirtumas - AFLP ir RFLP
DNR tyrimai turi didžiulę reikšmę filogenetinių ryšių supratimui ir nustatymui, genetinių ligų diagnozavimui ir organizmo genomų kartografavimui. Keletas metodų, susijusių su DNR analize, taip pat naudojami tam tikram genui ar DNR sekai identifikuoti nežinomos DNR telkinyje. Jie yra žinomi kaip molekuliniai žymenys. Amplifikuoto fragmento ilgio polimorfizmas (AFLP) ir apribojimo fragmento ilgio polimorfizmas (RFLP) yra du tokie molekuliniai žymenys (metodai), sukurti molekulinėje biologijoje, siekiant aptikti organizmų genetinius pokyčius. Abu metodai yra vienodai svarbūs ir turi privalumų bei trūkumų. Pagrindinis skirtumas tarp AFLP ir RFLP yra tas, kad AFLP apima selektyvią suardytos DNR PGR amplifikaciją, o RFLP neapima selektyvaus PGR DNR fragmentų amplifikacijos.
TURINYS
1. Apžvalga ir pagrindiniai skirtumai
2. Kas yra AFLP
3. Kas yra RFLP
4. Palyginimas vienas su kitu - AFLP ir RFLP
5. Santrauka
Kas yra AFLP?
AFLP (amplifikuoto fragmento ilgio polimorfizmas) yra svarbi molekulinės biologijos priemonė ir plačiai naudojama atliekant genetinės variacijos analizę. AFLP remiasi specifiniu fragmentinės genomos DNR PGR amplifikacija ir polimorfizmo aptikimu autoradiografais elektroforezės būdu. AFLP plačiai prisideda prie genetinių padermių ar artimų giminių rūšių įvairovės, įskaitant augalus, gyvūnus, bakterijas ir grybus, nustatymo. AFLP galima atlikti naudojant nedidelius nežinomų DNR mėginių kiekius. Tam nereikia išankstinių žinių apie seką ir zondų projektavimo.
AFLP žingsniai
- DNR išskyrimas
- DNR suardymas su restrikcijos endonukleazėmis
- Ribotų DNR fragmentų sujungimas su adapteriais
- Selektyvus fragmentų amplifikavimas su specifinėmis restrikcijos vietomis
- PGR produktų atskyrimas elektroforezės būdu
- Gelio matricos vizualizavimas autoradiografu
AFLP yra jautresnis ir atkuriamas metodas, kuris gali būti naudojamas profiliuojant kelis taksonus, įskaitant grybus, bakterijas, augalus ir gyvūnus, be išankstinių žinių apie DNR sekas. Tai padeda nustatyti nedidelius populiacijų skirtumus dėl labai jautraus pobūdžio. AFLP taip pat svarbus atliekant genomo kartografavimą, teismo ekspertizę, tėvų tyrimus, genotipų nustatymą ir kt.
01 paveikslas: AFLP
Kas yra RFLP?
Ribojimo fragmento ilgio polimorfizmai (RFLP) yra technika, naudojama nustatyti homologinių DNR sekų genetinius pokyčius. Tai yra pirmasis sukurtas DNR profiliavimo metodas. Organizmai turi unikalius DNR pirštų atspaudus ar DNR profilius. RFLP yra svarbi priemonė analizuojant intraspecifinių ar glaudžiai susijusių organizmų DNR profilių kitimą, nes homologinėse sekose yra skirtingos restrikcijos vietos (vietos), būdingos tik tam tikram organizmui. Kai homologinė DNR yra suardoma specifinėmis restrikcijos endonukleazėmis, bus gaunami skirtingi kiekvienam asmeniui būdingi DNR profiliai. Todėl,Pagrindinis šio metodo principas yra organizmų genetinių pokyčių nustatymas, ribojant homologinę DNR specifiniais restrikcijos fermentais, ir fragmento ilgio polimorfizmo analizė atliekant elektroforezę gele ir blotavimą. Blotavimo modeliai būdingi kiekvienam organizmui ir apibūdina specifinius genotipus.
RFLP žingsniai
- Pakankamas DNR kiekio išskyrimas iš mėginių
- DNR mėginių su specifinėmis restrikcijos endonukleazėmis fragmentavimas į trumpą seką
- Gautų skirtingo ilgio fragmentų atskyrimas elektroforeze agarozės gelio pagalba.
- Gelio profilio perkėlimas į membraną Southern blot būdu
- Membranos hibridizavimas su pažymėtais zondais ir fragmento ilgio polimorfizmo analizė kiekviename profilyje
RFLP yra labai svarbi metodika nustatant ligos paveldėjimą ir nustatant ligos atsiradimo riziką tarp šeimos narių. RFLP taip pat dažnai naudojamas kartografuojant genomus, nustatant nusikaltimus kriminalistikoje, atliekant tėvystės tyrimus ir kt. RFLP taip pat turi keletą apribojimų. Norint sukurti hibridizavimo zondus, RFLP reikalauja išankstinių žinių apie sekos duomenis. Taip pat reikia iš mėginio išskirti pakankamą kiekį DNR, kad būtų galima analizuoti, o tai sunku atlikti teismo medicinos tyrimuose.
01 paveikslas: RRFLP atvaizdavimas
Kuo skiriasi AFLP ir RFLP?
Skirtingas straipsnis viduryje prieš lentelę
ALFP ir RFLP |
|
| AFLP apima selektyvų suardytos DNR PGR amplifikaciją. | RFLP neapima PGR, nebent tai yra PGR-RFLP. |
| Sekos žinios | |
| Ankstesnių žinių apie seką nereikia. | Suprojektuotiems RFLP zondams reikalingos išankstinės sekos žinios. |
| Patikimumas | |
| Tai patikimiau. | Tai yra mažiau patikima, palyginti su AFLP. |
| Efektyvumas nustatant polimorfizmą | |
| Tai turi didesnį efektyvumą nustatant polimorfizmą nei RFLP. | Tai yra mažiau efektyvu, palyginti su AFLP. |
| Kaina | |
| Tai yra šiek tiek brangu, palyginti su RFLP. | Tai yra pigiau, palyginti su AFLP. |
| Programos | |
| AFLP buvo naudojami atliekant genomo kartografavimą, DNR pirštų atspaudus, genetinės įvairovės tyrimus, tėvystės tyrimus ir teismo ekspertizę | RFLP analizė yra svarbi genomo kartografavimo, genų lokalizavimo genetinių sutrikimų srityje nustatymo, ligų rizikos nustatymo ir tėvystės testavimo priemonė. |
Santrauka - AFLP ir RFLP
AFLP ir RFLP yra du metodai, naudojami kaip genetiniai žymenys vertinant įvairovę ir vertinant genetinius ryšius molekulinėje biologijoje. AFLP tarnauja kaip efektyvus ir jautrus genetinio polimorfizmo tarp organizmų nustatymo būdas nei RFLP. Tačiau, nors abu šie metodai turi skirtingą efektyvumą nustatant genetinius pokyčius, jie vis dar naudojami DNR pirštų atspaudams ir ligų diagnozei nustatyti.
