Pagrindinis skirtumas tarp homologijos ir bioinformatikos panašumo yra tas, kad homologija nurodo teiginį apie bendrą dviejų sekų evoliucinę kilmę, o panašumas nurodo dviejų sekų panašumo laipsnį.
Bioinformatika yra mokslo sritis, kuri biologijos duomenims analizuoti ir interpretuoti sujungia biologiją, informacijos inžineriją, informatiką, matematiką ir statistiką. Homologija ir panašumas yra du terminai, kuriuos naudojame bioinformatikos srityje. Mes galime lengvai apskaičiuoti panašumų likučių procentinę dalį per tam tikrą išlyginimo ilgį. Tačiau mes negalime apskaičiuoti homologijos, nes ji gali būti tikra ar klaidinga ir paprastai priklauso nuo naudojamos hipotezės.
