Pagrindinis skirtumas tarp alelio ir genotipo yra tas, kad alelis yra viena iš geno variantų, esančių tame pačiame chromosomos genetiniame lokuse, o genotipas yra tam tikro požymio genetinė sandara.
Genetika yra genų ir paveldimų organizmų modelių tyrimas. Chromosomos yra struktūros, kuriose yra genetinė organizmo informacija. Todėl eukariotuose yra tam tikras chromosomų skaičius, esantis genome. Kiekvienoje chromosomoje yra tūkstančiai genų, kurie yra specifiniai chromosomų regionai. Iš tikrųjų genai yra struktūriniai genetikos vienetai, kurie kaupia genetinę informaciją baltymams gaminti. Kiekvienas genas turi dvi kopijas, nusileidžiančias iš kiekvieno iš tėvų.
Panašiai alelis yra geno variantas arba geno forma. Be to, kiekvienas genas turi dvi alelių formas, kurios lemia geno užkoduotą charakteristiką. Taigi genotipas yra genetinė organizmo struktūra, kurią lemia alelių pasiskirstymas skirtinguose genuose.
