Pagrindinis skirtumas tarp kofermento ir kofaktoriaus yra tas, kad kofermentai yra organinės molekulės, o kofaktoriai gali būti organinės arba neorganinės.
Fermentai yra būtinos biologinės makromolekulės. Jie yra biologiniai katalizatoriai, dėl kurių labai lengvos sąlygos padidina biologinių reakcijų greitį. Be to, fermentai yra baltymai; taigi, kai juos veikia didelis šilumos, druskos koncentracijos, mechaninių jėgų, organinių tirpiklių ir koncentruotų rūgščių ar bazių tirpalų lygis, jie linkę denatūruotis. Kartais, norint atlikti specifinę funkciją, fermentams reikia kitos molekulės ar jonų palaikymo. Kofermentai ir kofaktoriai yra tokios molekulės.
