Pagrindinis skirtumas tarp nukleotido ir nukleozido yra tas, kad nukleotide yra fosfatų grupė, o nukleozide nėra fosfatų grupės.
Nukleozidai ir nukleotidai yra panašaus tipo molekulės, kurios skiriasi nežymiais struktūriniais pokyčiais. Tiek nukleotidą, tiek nukleozidą sudaro du tie patys komponentai; cukraus pentozė ir azoto bazė. Be to, nukleotidas turi vieną ar daugiau fosfatų grupių. Taigi, pridedant fosfatų grupę, nukleozidas gali būti paverstas nukleotidu fermentais, vadinamais kinaze. Nukleotidas yra nukleorūgščių statybinis blokas. Kita vertus, nukleozidai yra geros priešvėžinės ir antivirusinės medžiagos.