Esminis skirtumas tarp aerobinių ir anaerobinių raumenų yra tas, kad aerobiniams raumenims funkcionuoti reikalingas deguonis, o anaerobiniams raumenims funkcionuoti nereikia deguonies.
Raumenys yra pagrindiniai komponentai, susiję su mūsų judesiais. Be to, jie padeda palaikyti kūno formas. Raumenys geba kvėpuoti ir aerobiškai, ir anaerobiškai. Todėl raumenys vykdo funkcijas esant deguoniui ir jo neturint. Remiantis tuo, yra du raumenys, būtent aerobiniai ir anaerobiniai raumenys. Aerobiniams raumenims reikia ląstelių kvėpavimo deguonies. Kitaip tariant, šie raumenys energijos gamybai priklauso nuo deguonies. Taigi mitochondrijų yra daug. Kita vertus, anaerobiniams raumenims energijai gaminti nereikia deguonies. Jie turi mitochondrijų fragmentus arba fermentus, reikalingus anaerobiniam kvėpavimui. Todėl jie nepriklauso nuo deguonies. Taigi pagrindinis skirtumas tarp aerobinių ir anaerobinių raumenų yra deguonies poreikis.