Pagrindinis skirtumas tarp maltozės ir izomaltozės yra tas, kad maltozė turi du gliukozės vienetus, sujungtus vienas su kitu alfa 1-4 jungtimi, o izomaltozė turi du gliukozės vienetus, sujungtus vienas su kitu alfa 1-6 jungtimi.
Maltozė yra disacharidas. Tai reiškia, kad jis turi du cukraus vienetus, sujungtus vienas su kitu. Maltozės ir izomaltozės atveju cukraus vienetas yra gliukozės molekulė. Todėl šios dvi disacharidų formos skiriasi viena nuo kitos pagal cheminį ryšį tarp dviejų gliukozės vienetų. Tačiau abi šios cukraus formos yra redukuojantis cukrus.
