Pagrindinis skirtumas tarp R ir S konfigūracijos yra tas, kad R konfigūracija yra erdvinis R izomero išdėstymas, kurio santykinė prioritetinės krypties kryptis yra pagal laikrodžio rodyklę, o S konfigūracija yra erdvinis S izomero išdėstymas, kurio santykinė prioriteto kryptis yra tvarka prieš laikrodžio rodyklę. Čia santykinė prioritetų eilės kryptis yra mažėjanti pakaitų prioritetų tvarka.
R ir S izomerai yra organinės molekulės, turinčios chiralinį centrą, kuris yra anglies atomas, prie kurio yra prijungti keturi skirtingi pakaitai. Šie pakaitalai įtraukiami į sąrašą pagal jų prioritetą (prioritetas nustatomas naudojant CIP taisykles, kaip aprašyta toliau).
