Pagrindinis skirtumas - Maxam Gilbert vs Sanger Squencing
Nukleotidai yra pagrindiniai DNR struktūriniai vienetai ir statybiniai blokai. DNR molekulė susideda iš polinukleotidų grandinės. DNR yra keturi skirtingi nukleotidai. Šie nukleotidai susideda iš keturių skirtingų azoto bazių, pavadintų A (adeninas), G (guaninas), C (citozinas), T (timinas). Nukleotidų tvarka DNR molekulėje turi didelę reikšmę, nes ji užkoduoja svarbią genetinę informaciją organizmų augimui ir vystymuisi. DNR sekvenavimas reiškia procesą, kuris nustato tikslią DNR nukleotidų seką. Yra skirtingi DNR sekos nustatymo metodai. Maxam Gilbert ir Sanger DNR sekos nustatymas yra du DNR sekos nustatymo metodai, priklausantys pirmosios kartos sekvenavimui. Maxam Gilbert sekvenavimo procedūra nustato bazės seką, chemiškai suskaidydama 5'-galu pažymėtus DNR fragmentus kiekviename iš keturių nukleotidų ir gelio elektroforezę. „Sanger“sekvenavimo procedūra nustato nukleotidų seką sintezuojant vienos grandinės DNR, naudojant DNR polimerazę ir dideoksinukleotidus bei elektroforezę geliu. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp Maxamo Gilberto ir „Sanger Sequencing“.
TURINYS
1. Apžvalga ir pagrindiniai skirtumai
2. Kas yra Maxamas Gilbertas
3. Kas yra Sangerio sekos nustatymas
4. Palyginimas greta - Maxamas Gilbertas ir Sangerio sekos
5. Santrauka
Kas yra Maxamo Gilberto seka?
Maxam Gilbert sekvenavimas, taip pat žinomas kaip cheminio sekvenavimo metodas, yra technika, kuri buvo sukurta siekiant nustatyti DNR nukleotidų tvarką. Šį metodą Walteris Gilbertas ir Alanas Maxamas įvedė 1976 m. Ir jis tapo populiarus, nes jį galima atlikti tiesiogiai su išgryninta DNR. Maxamo Gilberto metodas priklauso pirmajai DNR sekos kartai, ir tai buvo pirmasis mokslininkų plačiai naudojamas sekvenavimo metodas.
Pagrindinis šio metodo principas yra gale pažymėtų DNR fragmentų ribojimas konkrečiose bazėse tam tikroms bazėms būdingomis cheminėmis medžiagomis ir sąlygomis, o žymėtųjų fragmentų atskyrimas elektroforezės būdu, kaip parodyta 01 paveiksle. gelis. Kadangi fragmentai yra pažymėti, galima lengvai išskirti DNR molekulės seką.
Maxamo gilberto metodas naudoja specifines bazines chemines medžiagas, kad suskaidytų DNR tam tikrose bazėse. Dvi įprastos cheminės medžiagos, vadinamos dimetilsulfatu ir hidrazinu, yra naudojamos selektyviai atakuoti purinus ir pirimidinus.
Maxam Gilbert sekvenavimo metodas atliekamas keliais etapais taip.
- DNR sekos gryninimas naudojant restrikcijos endonukleazes
- DNR fragmentų galų žymėjimas pridedant radioaktyviųjų fosfatų
- Pažymėtų fragmentų gryninimas iš nepažymėtų fragmentų elektroforezės būdu
- Galiniu būdu pažymėtos DNR atskyrimas į keturis mėgintuvėlius ir atskirai apdorojimas specifinėmis bazinėmis cheminėmis medžiagomis
- Kiekvieno mėgintuvėlio turinio elektroforezė atskirose gelio linijose ir fragmentų atskyrimas pagal jų ilgį.
- Fragmentų nustatymas autoradiografu.
01 pav. Maxamo Gilberto seka
Kas yra sekerių seka?
„Sanger Sequencing“yra sekos nustatymo metodas, kurį Frederickas Sangeris ir jo kolegos sukūrė 1977 m., Norėdami nustatyti tam tikros DNR fragmento bazinę seką. Jis taip pat žinomas kaip grandinės nutraukimo sekos nustatymas arba Dideoxy sekvenavimo metodas. Šis metodas veikia selektyvaus grandinės galinių dideoksinukleotidų (ddNTP), tokių kaip ddGTP, ddCTP, ddATP ir ddTTP, įtraukimo DNR polimerazės metu, atliekant vienos grandinės DNR sintezę, siekiant užbaigti grandinės susidarymą. Dideoksinukleotidams trūksta 3 'OH grupių, kad susidarytų fosfodiesterio ryšiai su gretimais nukleotidais. Vadinasi, giedos formavimas sustoja, kai ddNTP yra įtrauktas į naujai besiformuojančią giją sanger sekvenavimo metu.
Taikant šį metodą, keturios atskiros DNR sintezės reakcijos (PGR) atliekamos keturiuose atskiruose mėgintuvėliuose su vieno tipo ddNTP. Kiti reikalavimai, taikomi PGR mėgintuvėliams, įskaitant pradmenis, dNTP, Taq polimerazę, specifines sąlygas ir kt. Keturios atskiros reakcijos atliekamos keturiuose mėgintuvėliuose su keturiais mišiniais. Po PGR reakcijų gauti DNR fragmentai yra denatūruojami ir atskiriami elektroforezės būdu. Tada fragmentai vizualizuojami naudojant pažymėtą (radioaktyvų arba fluorescencinį) pradmenį arba dNTP, kaip parodyta 02 paveiksle.
02 pav. Sangerio seka
Kuo skiriasi Maxamas Gilbertas nuo Sangerio sekos?
Skirtingas straipsnis viduryje prieš lentelę
Maxamas Gilbertas ir Sangerio sekos |
|
| Maxam Gilbert sekvenavimas yra pirmoji DNR sekos nustatymo technika. | Sanger sekvenavimo metodas buvo įvestas po Maxam Gilbert sekvenavimo metodo. |
| Naudojimas | |
| Šis metodas naudojamas retai. | Sanger sekvenavimas paprastai naudojamas sekvenavimui. |
| Pavojingų cheminių medžiagų naudojimas | |
| Jis naudoja pavojingas chemines medžiagas. | Pavojingų cheminių medžiagų naudojimas yra ribotas, palyginti su Maxamo Gilberto metodu. |
| Aptikimo etiketės | |
| Šis metodas naudoja radioaktyvųjį P 32 DNR fragmentų galams žymėti. | Sanger sekvenavimui naudojami radioaktyviai arba fluorescenciškai pažymėti ddNTP. |
Santrauka - Maxam Gilbert vs Sanger Squencing
Maxam Gilbert ir Sanger sekvenavimas yra dviejų tipų DNR sekos nustatymo metodai, kuriems taikoma pirmosios kartos DNR sekos nustatymas. „Maxam Gilbert“sekvenavimas yra pirmasis DNR sekos nustatymo metodas, įvestas 1976 m., Ir jis atliekamas nutraukiant gale pažymėtus DNR fragmentus bazinėms cheminėms medžiagoms. Vadinasi, jis žinomas kaip cheminis sekvenavimas. Sanger sekvenavimo metodas buvo įvestas 1977 m. Ir yra pagrįstas ddNTP valdomomis grandinės nutraukimo reakcijomis. Sanger sekvenavimo metodas yra populiarus nei Maxam Gilbert metodas dėl kelių Maxam Gilbert metodo trūkumų, tokių kaip per didelis laiko suvartojimas, pavojingų cheminių medžiagų naudojimas ir kt. Tai yra skirtumas tarp Maxam Gilbert ir Sanger sekvenavimo.
