Pagrindinis skirtumas - „Microarray“ir RNR sekos nustatymas
Transkriptomas reprezentuoja visą ląstelėje esančios RNR kiekį, įskaitant mRNR, rRNR, tRNR, suskaidytą RNR ir neskaidytą RNR. Transkripcijos profiliavimas yra svarbus procesas norint suprasti ląstelių įžvalgas. Yra keli pažangūs transkripcijos profiliavimo metodai. „Microarray“ir RNR sekos yra dviejų tipų technologijos, sukurtos analizuoti transkripciją. Esminis skirtumas tarp mikrodalelių ir RNR sekos yra tas, kad mikrograizdas pagrįstas iš anksto suprojektuotų žymėtų zondų su tikslinėmis kDNR sekomis hibridizacijos potencialu, o RNR sekos nustatymas grindžiamas tiesioginiu cDNR gijų sekvenavimu naudojant pažangias sekvenavimo technologijas, tokias kaip NGS. „Microarray“atliekamas turint išankstinių žinių apie sekas, o RNR sekos atliekamos be išankstinių žinių apie sekas.
TURINYS
1. Apžvalga ir pagrindiniai skirtumai
2. Kas yra „Microarray“
3. Kas yra RNR sekos nustatymas
4. Palyginimas greta - „Microarray“ir RNR sekos nustatymas
5. Santrauka
Kas yra „Microarray“?
„Microarray“yra tvirtas, patikimas ir didelio našumo metodas, kurį mokslininkai naudoja profiliuojant profilius. Tai populiariausias stenogramų analizės metodas. Tai yra nebrangus metodas, kuris priklauso nuo hibridizacijos zondų.
Technika prasideda nuo iRNR ekstrahavimo iš mėginio ir cDNR bibliotekos sukūrimo iš bendros RNR. Tada jis sumaišomas su fluorescuojančiai pažymėtais iš anksto suprojektuotais zondais ant kieto paviršiaus (dėmės matrica). Papildomos sekos hibridizuojasi su žymėtomis mikroschemoje esančiomis zondomis. Tada mikropieštukas nuplaunamas ir ekranuojamas, o vaizdas kiekybiškai įvertinamas. Surinktus duomenis reikėtų išanalizuoti, norint gauti santykinius išraiškos profilius.
Manoma, kad mikrodalelių zondų intensyvumas yra proporcingas stenogramų kiekiui mėginyje. Tačiau technikos tikslumas priklauso nuo suprojektuotų zondų, išankstinių žinių apie zondų seką ir afinitetą hibridizacijai. Taigi mikrodalelių technologija turi apribojimų. „Microarray“technikos negalima atlikti su mažo gausumo nuorašais. Nepavyksta atskirti izoformų ir nustatyti genetinių variantų. Kadangi šis metodas priklauso nuo zondų hibridizacijos, kai kurios su hibridizacija susijusios problemos, tokios kaip kryžminė hibridizacija, nespecifinė hibridizacija ir kt., Iškyla mikrodalelių technikoje.
01 pav. „Microarray“
Kas yra RNR sekos nustatymas?
RNR šaudymo seka (RNR seka) yra neseniai sukurta visa transkripto sekvenavimo technika. Tai greitas ir didelio našumo transkripcijos profiliavimo metodas. Tai tiesiogiai kiekybiškai įvertina genų raišką ir lemia nuodugnų transkripcijos tyrimą. RNR seka nepriklauso nuo iš anksto sukurtų zondų ar išankstinio žinių apie sekas. Todėl RNR sek metodas turi didelį jautrumą ir galimybę nustatyti naujus genus ir genetinius variantus.
RNR sekos nustatymo metodas atliekamas keliais etapais. Bendra ląstelės RNR turi būti išskirta ir fragmentuota. Tada, naudojant atvirkštinę transkriptazę, reikia paruošti cDNR biblioteką. Kiekviena kDNR grandinė turi būti susieta su adapteriais. Tada susieti fragmentai turi būti sustiprinti ir išgryninti. Galiausiai, naudojant NGS metodą, reikia atlikti cDNR sekvenavimą.
02 paveikslas: RNR sekos nustatymas
Koks skirtumas tarp „Microarray“ir RNR sekos?
Skirtingas straipsnis viduryje prieš lentelę
„Microarray“ir RNR sekos nustatymas |
|
| „Microarray“yra tvirtas, patikimas, didelio našumo metodas. | RNR sekos nustatymas yra tikslus ir didelio našumo metodas. |
| Kaina | |
| Tai yra nebrangus metodas. | Tai brangus metodas. |
| Didelio mėginių skaičiaus analizė | |
| Tai palengvina daugelio mėginių analizavimą vienu metu. | Tai palengvina daugelio mėginių analizę. |
| Duomenų analizė | |
| Duomenų analizė yra sudėtinga. | Šiuo metodu sukuriama daugiau duomenų; taigi procesas yra sudėtingesnis. |
| Išankstinės sekų žinios | |
| Šis metodas pagrįstas hibridizacijos zondais, todėl reikia išankstinių žinių apie sekas. | Šis metodas nepriklauso nuo ankstesnių žinių apie seką. |
| Struktūriniai variantai ir nauji genai | |
| Šis metodas negali nustatyti struktūrinių pokyčių ir naujų genų. | Šis metodas gali nustatyti struktūrines variacijas, tokias kaip genų suliejimas, alternatyvus sujungimas ir nauji genai. |
| Jautrumas | |
| Tai negali nustatyti izoformų raiškos skirtumų, todėl tai turi ribotą jautrumą. | Tai turi didelį jautrumą. |
| Rezultatas | |
| Tai gali lemti tik santykinius išraiškos lygius. Tai nesuteikia absoliutaus genų ekspresijos kiekybinio įvertinimo. | Tai suteikia absoliučius ir santykinius išraiškos lygius. |
| Duomenų pakartotinė analizė | |
| Tai reikia pakartoti, kad būtų galima iš naujo analizuoti. | Sekos duomenis galima iš naujo analizuoti. |
| Konkretaus personalo ir infrastruktūros poreikis | |
| Ypatinga infrastruktūra ir personalas nėra reikalingi norint sudaryti mikrorajoną. | RNR sekos nustatymui reikalinga specifinė infrastruktūra ir personalas. |
| Techniniai nesklandumai | |
| „Microarray“technika turi techninių problemų, tokių kaip kryžminė hibridizacija, nespecifinė hibridizacija, ribotas atskirų zondų aptikimo dažnis ir kt. | RNR sek technika vengia tokių techninių problemų kaip kryžminė hibridizacija, nespecifinė hibridizacija, ribotas atskirų zondų aptikimo greitis ir kt. |
| Šališkumas | |
| Tai yra šališkas metodas, nes jis priklauso nuo hibridizacijos. | Šališkumas yra mažas, palyginti su mikropaveikslu. |
Santrauka - „Microarray“ir RNR sekos nustatymas
„Microarray“ir RNR sekos nustatymo metodai yra didelio pralaidumo platformos, sukurtos transkripcijos profiliavimui. Abu metodai duoda rezultatų, kurie yra labai susiję su genų ekspresijos profiliais. Tačiau RNR sekos nustatymas turi pranašumų, palyginti su mikrodalelėmis, atliekant genų ekspresijos analizę. RNR sekos nustatymas yra jautresnis būdas nustatyti mažos gausos transkripcijas nei mikrodalelė. RNR sekos taip pat leidžia diferencijuoti izoformas ir identifikuoti genų variantus. Tačiau mikrograizdas yra dažnas daugumos tyrinėtojų pasirinkimas, nes RNR sekos nustatymas yra nauja ir brangi technika su duomenų saugojimo iššūkiais ir sudėtinga duomenų analize.
