Pagrindinis skirtumas - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green ir Taqman yra du metodai, naudojami aptikti ar stebėti realaus laiko PGR amplifikacijos procesą. SYBR Green yra metodas, pagrįstas nukleorūgšties dažymo dažais, o Taqmanas - hidrolizės zondu. Abi technologijos yra sukurtos fluorescencijai generuoti PGR metu, o tai leidžia realiu laiku veikiančiai PGR mašinai stebėti reakciją „realiu laiku“. SYBR Green metodas atliekamas naudojant fluorescuojančius dažus, vadinamus SYBR green, ir nustato amplifikaciją, surišdamas dažus su pagaminta dviguba grandine DNR. Taqmanas atliekamas naudojant dvigubai pažymėtus zondus ir nustato amplifikaciją, skaidant zondą Taq polimerazei ir išskiriant fluoroforą. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp „SYBR Green“ir „Taqman“.
TURINYS
1. Apžvalga ir pagrindiniai skirtumai
2. Kas yra SYBR Green
3. Kas yra Taqman
4. Palyginimas kartu - SYBR Green vs Taqman
5. Santrauka
Kas yra SYBR Green?
SYBR Green yra fluorescenciniai dažai, naudojami dažyti nukleorūgštis, ypač dvigubos grandinės DNR molekulinėje biologijoje. SYBR Green metodas naudojamas PGR produktams kiekybiškai įvertinti realiu laiku atliekant PGR. Susijungęs su DNR, susidaręs DNR dažų kompleksas sugeria mėlyną šviesą ir skleidžia intensyvią žalią šviesą. Tai atsitinka dėl struktūrinių pokyčių, kurie įvyksta dažų molekulėje susijungus su dvigubos grandinės DNR. Kai PGR sukuria vis daugiau ir daugiau DNR, daugiau dažų molekulių jungiasi su DNR, generuodama daugiau fluorescencijos. Todėl fluorescencija didėja kaupiantis PGR produktui. Taigi PCR produkto kiekį galima kiekybiškai išmatuoti nustatant SYBR Green fluorescenciją.
SYBR žalieji dažai taip pat gali būti naudojami DNR žymėjimui citometrijoje ir fluorescencinėje mikroskopijoje. Etidžio bromidą sėkmingai pakeitė SYBR Green, nes etidžio bromidas yra kancerogeniniai dažai, turintys šalinimo problemų atliekant DNR vizualizaciją gelio elektroforezėje.
Yra SYBR žaliųjų metodų privalumų ir trūkumų. Šis metodas yra labai jautrus, nebrangus ir paprastas naudoti. Tačiau dėl nespecifinio prisijungimo prie gebėjimo prisijungti prie bet kurios dvigubos grandinės DNR PCR produktas gali būti kiekybiškai įvertinamas.
01 pav. SYBR žalioji technika
Kas yra Taqmanas?
„Taqman“yra alternatyvus „SYBR Green“metodas, kad būtų galima stebėti realaus laiko PGR procesą. Šis metodas priklauso nuo Taq polimerazės fermento 5 '- 3' egzonukleazės aktyvumo, siekiant suskaidyti zondus pratęsiant naują grandinę ir išsiskiriant fluoroforui. Šiame metode naudojami dvigubai pažymėti zondai ir jis pagrįstas zondų hidrolize. Zondai yra fluorescenciškai pažymėti DNR oligonukleotidai, turintys fluorescuojančią reporterio molekulę (fluoroforą) 5 'gale ir gesinimo molekulę 3' gale. Jie skirti prisijungti prie viengubo šablono, esančio priešingoje grunto anuliavimo pusėje. Taq polimerazė prideda nukleotidus prie pradmens ir pratęsia naują grandinę link dvigubai pažymėtų zondų. Kai Taq polimerazė susitinka su zondu, Taq polimerazės eksonukleazinis poveikis suaktyvina ir suardo zondą. Užbaigus naujosios grandinės sintezę, zondas visiškai skaidomas ir išleidžiamas fluoroforas. Išsiskyręs fluoroforas generuoja fluorescenciją. Fluorescencinė gesintuvo molekulė efektyviai užgesina skleidžiamą šviesą ir sukuria išeitį PCR produkto kiekybiniam įvertinimui. Fluoroforų išsiskyrimas ir PGR produktų kiekis yra proporcingi. Taigi kiekybinį įvertinimą galima lengvai atlikti taikant Taqmano metodą.kiekybinis įvertinimas gali būti lengvai atliekamas Taqmano metodu.kiekybinis įvertinimas gali būti lengvai atliekamas Taqmano metodu.
02 paveikslas: Taqmano metodas
Taqmano metodas naudojamas realaus laiko PGR, genų ekspresijos kiekybinis įvertinimas, genetinių polimorfizmų nustatymas, chromosomų DNR delecijų kiekybinis nustatymas, bakterijų identifikavimas, mikrodalelių analizės patikrinimas, SNP genotipų nustatymas ir kt.
Kuo skiriasi „SYBR green“ir „Taqman“?
Skirtingas straipsnis viduryje prieš lentelę
„SYBR Green“prieš „Taqman“ |
|
| SYBR Green yra pagamintas iš DNR rišančių dažų. | Taqmanas priklauso nuo hibridizacijos zondų ir Taq polimerazės 5 '- 3' eksonukleazės aktyvumo. |
| Fluorescenciškai paženklinti zondai | |
| Fluorescuojančiai pažymėtų zondų nereikia. | Reikalingi dvigubai pažymėti zondai. |
| Multipleksinių genų analizė | |
| Jo negalima naudoti multipleksiniams genų taikiniams. | Jis gali būti naudojamas multipleksiniams genų taikiniams. |
| Kaina | |
| Tai pigiau. | Tai brangiau. |
| Specifiškumas | |
| Tai yra mažiau specifinė ir jungiasi su bet kuria dvigubos grandinės DNR | Tai yra labai specifiniai, nes zondai aptinka specifinius amplifikacijos produktus. |
| Efektyvumas | |
| Tai yra mažiau efektyvu. | Tai labai efektyvu. |
| Taikymas | |
| Tai naudojama realaus laiko PGR, agarozės gelio vizualizacijai, DNR žymėjimui ir kt. | Tai naudojama realiuoju laiku atliekant PGR, kiekybiškai įvertinant genų ekspresiją, nustatant genetinius polimorfizmus ir kt. |
Santrauka - SYBR Green ir Taqman
Taqman ir SYBR green yra du metodai, naudojami realiuoju laiku atliekant PGR (kiekybinę PGR). Abu metodai leidžia efektyviai apskaičiuoti PGR produktą ir priklauso nuo fluorescencijos emisijos. Taqmano metodas naudoja dvigubai pažymėtus zondus sukauptai DNR nustatyti, o SYBR Green metodas naudoja fluorescuojančius dažus. Abu šie metodai taip pat skirtingai taikomi molekulinėje biologijoje.
