Pagrindinis skirtumas tarp pradmens ir promotoriaus yra tas, kad pradmuo yra komerciškai susintetinta trumpa DNR seka, kuri naudojama PGR tikslinės DNR sekos amplifikacijai, o promotorius yra specifinė DNR seka, užtikrinanti saugią pradinę RNR polimerazės prisijungimo vietą ir transkripcijos faktorius norint pradėti transkripciją.
Gruntas ir promotorius yra dviejų tipų DNR sekos. Gruntas yra nedidelis DNR fragmentas, reikalingas polimerazės grandininei reakcijai (PGR). Jis turi trumpas nukleotidų sekas, papildančias DNR grandinės šoninį galą. Yra dviejų tipų pradai, ir jie yra atspirties taškas naujų DNR grandinių sintezei. Priešingai, promotorius yra specifinė DNR seka, esanti prieš geno transkripcijos inicijavimo vietą. Siekdamas kontroliuoti DNR transkripciją, jis tiesiogiai sąveikauja su transkripcijos mechanizmo komponentais, tokiais kaip RNR polimerazė ir transkripcijos veiksniai. Todėl RNR polimerazė ir kiti transkripcijos faktoriai prisijungia prie promotoriaus sekos ir inicijuoja transkripciją.
