Pagrindinis skirtumas tarp antigeninių ir fazinių pokyčių yra tas, kad antigeniniai pokyčiai yra mechanizmas, nurodantis antigeniškai skirtingų baltymų, angliavandenių ar lipidų ekspresiją ant jų paviršiaus, o fazių kitimas yra aukšto dažnio grįžtamasis fenotipo išraiškos įjungimas ir išjungimas.
Antigeniniai ir faziniai pokyčiai yra dviejų tipų molekuliniai mechanizmai, kuriuos patogenai naudoja, kad išvengtų šeimininko imuninio atsako. Jie yra susiję vienas su kitu. Šie mechanizmai leidžia mikrobams, ypač bakterijoms, prisitaikyti prie daugiau nei vienos aplinkos. Dėl fazės ir antigeninės variacijos susidaro heterogeninis kloninių bakterijų populiacijos fenotipas. Šioje populiacijoje atskiros ląstelės ekspresuoja kintančius fazinius baltymus arba vieną iš daugelio antigeninių baltymo formų. Šios variacijos daugiausia yra virusų sukėlėjų strategijos, kurias vykdo patogenai.
